肥胖低通气综合征患者可并发肥胖、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者常见的并发症，如糖尿病、高血压、心律失常、高血脂、动脉粥样硬化等。本节集中讨论肥胖低通气综合征患者对呼吸系统功能的影响。
肺动脉高血压是肥胖低通气综合征患者发展为肺心病的中心环节，是肥胖低通气综合征患者常见的并发症，也是患者预后的重要指征，肥胖低通气综合征患者比单纯的阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者肺动脉高血压的发病率高。有作者统计，肥胖低通气综合征患者并发肺动脉高压为59%，单纯阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者普遍认为在15%-20%, Kesslery研究认为，肺动脉高血压很少见于白天低氧血症患者，而且夜间AHI指数高低与肺动脉高压也无相关性，认为患者白天的动脉血气紊乱和肺动脉高压多见于肥胖低通气综合征患者及重叠综合征患者。
肥胖低通气综合征影响呼吸系统功能，并发肺动脉高血压的主要机制为:
1. 肥胖低通气综合征患者呼吸系统阻力增加肥胖低通气综合征患者呼吸时气道阻力比正常人增加30% -100%气道阻力增加可能主要影响细小气管，并在仰卧位时更加明显，可能是与上气道脂肪堆积及肺血流增加导致的气道狭窄有关，功能残气量减少也可能与气道阻力增加有关。吸气时肺内压增加，导致回心血量增加，增加心脏前负荷，是并发肺动脉高压的一个影响因素。
2.气体交换异常肥胖低通气综合征患者夜间及清醒时可出现低氧血症，肺膨胀不全导致的肺血流分流、通气/血流比例失调，以及合并上气道阻塞导致的呼吸暂停等与其有关。肥胖低通气综合征患者具有很高的肺血流分流(可达到心输出量的40%和极低的通气/血流比例。低氧血症及高碳酸血症波动性变化，是导致肺动脉高压的因素之一。
3.并发阻塞性睡眠呼吸暂停肥胖低通气综合征患者大多并发睡眠呼吸暂停，这类患者清醒时大多具有高碳酸血症和低氧血症，睡眠时进一步恶化，两者合并出现的患者常出现神经症状、心律失常、肺动脉高压、冠心病、充血性心衰和脑血管意外。未经的患者，病死率很高。

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